Biomedicina
Os parasitos dos seres humanos do reino Protozoa são atualmente classificados em três filos: Sarcomastigophora (que incluem os flagelados e as amebas); Apicomplexa (incluindo os esporozoários); e Ciliophora (constituídos pelos ciliados). Nesses grandes grupos são encontrados os principais parasitos humanos, convenientemente relacionados em subfilos.
Mastigophora: também conhecido como flagelados, apresentam um ou mais flagelos semelhantes a chicotes e em alguns casos, uma membrana ondulantes (p. ex.: tripanossomas). Incluem os flagelados intestinais e geniturinários (Giardia, Trichomonas, Dientamoeba, Chilomastix) e os flagelados sanguíneos e teciduais (Trypanosoma, Leishmania).
Sarcodina: são tipicamente amebóides e representados nos seres humanos por espécies de Entamoeba, Endolimax, Iodamoeba, Naegleria e Acanthamoeba.
Sporozoa: exibem um complexo ciclo de vida, com fases reprodutivas sexuada e assexuada alternadas, envolvendo em geral dois hospedeiros diferentes (o. ex., artrópode e vertebrado, como nas formas sanguíneas). A classe Coccidia inclui os parasitos humanos Isosporo, Toxoplasma e outros. Entre eles, o Cryptosporidium foi implicado como causa de diarréia refratária em indivíduos imuossuprimidos. Na classe Haematozoa (esporozoários sanguíneos), encontram-se os parasitos da malária (espécies de Plasmodium) e membros de ordem Piroplasmida, que inclui espécies de Babesia. Recentemente foi demonstrado ser o Pneumocystis um membro dos Fungi, e não dos Protozoa. Trata-se de outro parasito oportunista observado em indivíduos imunossuprimidos.
Ciliophora: são protozoários complexos com cílios distribuídos em fileiras ou placas, com dois tipos de núcleos em cada organismo. O Balantidium coli, umciliado intestinal gigante de seres humanos e suínos, é o único parasito humano representativo desse grupo. Um grupo distinto, antigamente incluído nos Protozoa, frequentemente nos Sporozoa, é hoje considerado um filo separado, Microspora, consituído pelos microsporídios, que ocorrem frequentemente como parasitos oportunistas de hospederiso imunossuprimidos. 
Os vermes ou helmintos parasitos dos seres humanos pertencem a dois filos:
Platelmintos (vermes chatos), sem uma verdadeira cavidade corporal (celoma) e tipicamente achatados no sentido dorsoventral. Todas as espécies clinicamente importantes pertencem às classes Cestoda (tênias) e Trematoda (trematódeos). Os cestódeos parasitos de seres humanos são segmentados e semelhantes a fitas. Os trematódeos apresentam tipicamente a forma de uma folha, e os esquistossomos são alongados e estreitos, constituindo uma adaptação, juntamente com seu sexo separado, para residir no interior dos pequenos vasos sanguíneos. Os outros trematódeos e cestódeos de seres humanos são hermafroditas. Os cestódeos teciduais e intestinais importantes dos seres humanos pertencem aos gêneros, Dihpyllobothrium, Spirometra, Taenia, Echinococcus, Hymenolepis e Dipylidium. Os gêneros de trematódeos clinicamente importantes incluem Schistosoma, Paragonimus, Clonorchis, Opisthorchis, Heterophyes, Metagonmus, Fasciolopsis e Fasciola.
Nematelmintos (vermes cilíndricos arredondados, não-segmentados e de sexo separado) incluem muitas espécies de parasitos que infectam os seres humanos. O procedimento essencial no diagnóstico de muitas helmintoses consiste na identificação microscópica dos ovos ou das larvas nas fezes, urina, sangue ou tecidos. Nas seções importantes para o estabelecimento do diagnóstico, enquanto as características importantes das microfilárias que inicia-se na fase amastigota (estagio intracelular arredondado), promastigota (estágio extracelular flagelado) e epimastigota (estágio extracelular mais alongado).
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